徐鹤乔(李川 饰)中了宇文桓(史元庭 饰)的圈套，来到勾栏院中找到张差丢失的尸体。当段谨(陈烨林 饰)意识到这一切都是宇文桓的圈套，而欲带徐鹤乔逃之夭夭时，却为时已晚，朱常洛已带众人赶到勾栏院内。 以包庇畸众徐鹤乔的罪名将段氏兄妹逮捕后，朱常洛屏退众人，单独将徐鹤乔留下问话。得知徐鹤乔已经知道自己的身份后，朱常洛也不愿再兜圈子，便打开窗户说亮话。尽管徐鹤乔已经认命，不愿与朱常洛去争夺那本属于自己的皇位，但朱常洛为了稳住自己的皇位，还是赐予徐鹤乔毒酒一杯。为了能让朱常洛安心的成为他所说的明君，徐鹤乔在为段容(余玥 饰)段谨求的一线生机后，甘愿饮下了朱常洛赐给自己的毒酒。泰昌元年，公元一六二零年，明光宗朱常洛驾崩。朱常洛继位仅一个月，因服用红丸意外身亡，史称“红丸案”。而此时的重明卫内，刚刚清醒过来的徐鹤乔因看到守候在自己身旁的段容段谨，而推断定是朱常洛不守信用，不但杀了自己，还违背对自己的诺言，处死了段氏兄妹二人，却不料是自己尚在人间。回忆起当天朱常洛给自己讲的故事，徐鹤乔得知原来自己的生母乃是被秘密送入宫中，想要谋得皇上盛宠后产下皇子，为畸众谋得平权理想的众多小宫女中的一个。谁料，自己的母妃在众多宫女中脱颖而出，不但得到了先皇的宠幸，还顺利的诞下了自己，因先皇十分喜爱徐鹤乔，遂将其母妃封为王恭妃。本来，一切都是那样的顺利，却不料，小太监启寿无意间通过寻幽尺发现了王恭妃的畸众身份，郑贵妃便想借此至王恭妃于死地，张差为了保护王恭妃和小皇子，便用普通人的尸体，伪装了王恭妃假死，并暗中用普通婴儿替换了小皇子。为了方便王恭妃母子日后相认，张差将两块一模一样的陨石吊坠交给二人，作为信物。待郑贵妃找来重明卫检测小皇子的畸众身份时，寻幽尺自然没有任何反应，这件事就这样完美的隐瞒了过去。张差本计划风平浪静后，再将小皇子换回，却不知什么原因，此事一直没有成功。后来，王恭妃念子心切，偷潜入宫，没想到刚好挺击案事发。郑贵妃派杀手对朱常洛下手，张差阻止，却被王恭妃错看成张差是要杀她的儿子，王恭妃情急之下，为了保护儿子，便使用了异能桃花源，并借宇文桓之手，杀死了张差。但直到张差死去，他也没有说出小皇子的下落。这就是挺击案，而徐鹤乔苦苦找寻了多年真凶，竟然是自己的生母王恭妃。而令众人不解的是为何徐鹤乔得知了挺击案的真相之后，朱常洛还会放其一条生路。待生活一切恢复宁静后，徐鹤乔又重操旧业，将勾栏院重新开业。谁料，勾栏院再次开业当天，启安却带着太上皇的遗诏到此，命徐鹤乔速速请旨入宫。原来一切都在万历帝的掌控之中，他不但早就为徐鹤乔算计好了一切，还恢复了徐鹤乔重明卫的身份。而重明卫的故事才刚刚开始，徐鹤乔进宫后，等待他的又是什么呢?（本季终）
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